برای اضافه کردن یک حساب FTP جدید به لیست حسابهای موجود در برنامه میتوانید مراحل زیر را دنبال کنید:
1. از منوی File گزینه Site Manager… را انتخاب کنید تا پنجره Site Manager برنامه نمایش داده شود.
2. در پنجره Site Manager بر روی دکمه New Site کلیک کنید و در فیلد اضافه شده به لیست درختی My Sites یک نام مناسب برای حساب FTP جدید انتخاب کنید.
3. در تب General در پنجره مدیریت سایت اطلاعات زیر را وارد کنید:
-- در فیلد Host یکی از دامینهای فعال بر روی اکانت خود و یا آدرس IP اکانت خود را وارد کنید.
-- در فیلد Port عدد 21 را وارد کنید. (پر کردن این فیلد اجباری نبوده و در صورتی که این فیلد را خالی بگذارید, برنامه به صورت خودکار در هنگام اتصال به سرور از پورت استاندارد 21 استفاده خواهد کرد)
-- از لیست کشویی protocol گزینه FTP – File Transfer Protocol را انتخاب کنید.
-- از لیست کشویی Encryption گزینه Use plain FTP را انتخاب کنید.
-- از لیست کشویی Logon Type گزینه Normal را انتخاب کنید و در فیلدهای User و Passwordبه ترتیب نام کاربری اکانت FTP خود و رمز عبور آن را وارد کنید.
پس از وارد کردن اطلاعات میتوانید بر روی دکمه Connect کلیک کنید و منتظر بمانید تا اتصالFTP بین برنامه FileZilla و سرور برقرار گردد. پس از برقراری ارتباط موفقیتآمیز با سرور لیست شاخهها و فایلهای موجود بر روی سرور در پنجره های Remote Site نمایش داده خواهد شد. فایلها و شاخههای موجود بر روی سیستم شما نیز در پنجره‌های Local Site قابل مشاهده است. 
برای آپلود یک فایل یا شاخه از روی سیستم محلی خود بر روی سرور میتوانید مراحل زیر را دنبال کنید:
Û±. در پنجره های Remote site در نرم افزار FileZilla به شاخهای بر روی سرور که قصد آپلود فایل در آن شاخه را دارید بروید.
2. در پنجره های Local site فایل یا شاخه مورد نظر جهت آپلود بر روی سرور را در سیستم محلی خود پیدا کرده و بر روی نام فایل یا شاخه کلیک راست کرده و از منوی ظاهرا شده گزینهUpload را انتخاب کنید.
پس از کلیک بر روی دکمه Upload نرم افزار FileZilla شروع به آپلود فایل مورد نظر شما در مسیر مشخص شده در پنجره Remote site خواهد کرد. در طی فرایند آپلود فایل بر روی سرور, سرعت متوسط آپلود فایل, میزبان پیشرفت آپلود و نیز زمان تخمینی باقیمانده برای آپلود کامل فایل در پنجره Transfer queue نمایش داده خواهد شد.
